정보기관의 주요 임무는 정보활동, 비밀공작활동 그리고 방첩활동이다. 방첩활동은 자국의 안보와 국가이익을 침해할 소지가 있는 타국, 외국, 국내 위해세력을 포착하여 사전 예방하거나 사후 수습하는 것으로 능동적 방첩과 수동적 방첩활동이 있다. 전자는 정보수집, 방어활동, 공격활동을 포함하고, 후자는 문서보안, 인원보안, 시설보안, 정보통신보안 및 전자파보안이 있다. 국가가 형성되면서부터 왕의 직속기관이 왕의 권위와 왕조의 존립을 해칠 가능성이 높은 사건들을 예방하기 위한 비공식적인 활동을 하였다. 중세를 지나 근세로 들어서면서 영국 등 유럽국가들은 왕권보호와 국가안보차원에서 체계적인 방첩활동을 공식적으로 수행하였다. 방어활동으로 첩보원을 체포하거나 전향자나 전향가능성이 있는 정보요원을 관리하거나 간첩행위를 하고 있는 타국의 외교관을 적발하여 추방, 도청의 방해 및 차단, 탐지장비의 제거 등이 있다. 공격활동은 비밀공작활동과 유사하여 구분하기 어려운 측면이 있지만, 엄밀하게 보면 다르다고 볼 수 있다. 적성국에 고용된 공작원을 전향시켜 자국의 공작원으로 다시 활용하는 역용공작, 허위 정보를 유포하여 수집하게 하는 기만공작, 타국 정보기관에 공작원이나 관계 정보요원을 포섭하여 정보수집활동을 하거나 비밀공작활동을 방해하는 침투공작이 있다.

방첩활동을 통해 수집한 정보는 우선 타국 정보기구의 활동현황과 역량을 파악하여 정보위협을 평가하는 데 활용할 수 있다. 다음으로 수집한 정보를 바탕으로 타국의 침해행위에 대한 보안정책의 수립과 보안활동을 강화할 수 있다. 예를 들어 1970년대 소련은 미국 첩보위성 프로그램을 입수하여 방어프로그램을 운용함으로써 미국 위성의 정찰효과를 감소시켰다. 마지막으로 상대국의 공격기법을 파악하여 방어전술에 적용함으로써 적응능력을 향상시켜 방첩능력을 향상할 수 있다.

정보기관이 수행하는 방첩활동은 고문 등 인권침해 이외에도 다양한 이슈를 고민하게 한다. 첫째 앞에서 설명한대로 능동적 방첩활동은 비밀공작활동에 가깝다. 둘째 모든 정보기관은 자신들의 요원을 신뢰함으로써 혐의자를 파악하거나 제거하지 못하여 보안 취약성이 높아지게 된다. 정보기관 요원이던 일반 국민 혹은 타국 국민이라도 대한민국의 안보나 이익을 침해하였을 경우 다음 법률의 적용을 받게 된다. 먼저 형법 98조에서 적국을 위해 간첩행위를 하였거나 적국의 간첩을 방조한 자를 처벌하고, 제 113조에서 외교상의 기밀을 누설한 자는 5년 이하의 징역, 1천 만원 이하의 벌금에 처하게 한다. 또한 군사기밀보호법 11조는 군사기밀을 탐지∙수집하는 행위, 12조는 군사기밀을 누설하는 행위는 처벌받게 되어 있다.

다음으로 소극적 방첩활동인 보안은, 문서보안, 인원보안, 시설보안, 정보통신보안과 전자파보안이 있다. 첫째 문서보안으로 중요한 정보가 기재된 기밀문서의 발행, 관리, 수발 등에 관한 기준을 정하여 관리하는 것이다. 비밀문서를 I급, II급, III급 및 대외비로 분류해야 하고 각 문서의 상∙하단, 표지의 전∙후면에 표시를 해야 한다. 비밀의 대출, 열람, 지출 등도 정해진 규정에 따라 엄격하게 관리해야 한다. 둘째 인원보안으로 국가정보기관 요원, 중요 비밀을 다루거나 활동을 해야 하는 관련 인사들의 기본정보와 동향정보를 수집하여 충성심, 성실성 및 신뢰성 등을 평가하는 것이다. 인원보안에는 임용 전 또는 비밀 취급인가 전에 실시하는 신원조사, 주요 인물이나 대상자의 주위 환경 변화에 의한 신상변화를 모니터링하는 동향파악, 보안의식 제고하기 위한 보안교육, 임용 시 혹은 퇴사 시에 보안서약서에 날인을 하여 보안규정을 준수하겠다는 보안서약이 있다. (계속)