비밀공작활동은 계획의 수립, 공작의 결정, 공작의 수행이라는 3단계로 이행하게 된다. 계획을 수립하기 위해서는 다른 외교적, 정치적 수단이 없어 최후의 방법으로 선택하는 정당성과 공작활동을 수행할 공작원의 확보, 예산의 확보, 외교적∙군사적 지원능력의 유무 등 다양한 요소들의 검토를 통해 수행가능성 여부를 판단해야 한다. 비밀공작활동은 반드시 성공할 수 있는 능력이 확인된 경우에만 감행해야 한다. 또한 비밀공작활동은 성공하였을 경우 국가이익도 커지만 실패할 경우 대외적인 이미지 훼손, 경제적 손실, 인력손실 등 국가가 입게 될 손실도 감안해야 한다. 이러한 종합적인 판단을 하기 위해서는 해당 정보기관이나 여타 국가 정보기관이 수행한 유사 공작활동을 면밀히 연구하여 수립한 계획의 미비점을 보완하고 가급적 완벽하다고 느껴질 수 있는 공작계획을 수립하여 실행해야 한다.

비밀공작의 결정과정은 우선 정보기관 내부 계통에 따른 품의절차를 거치고 나서, 국가 최고정책결정권자인 대통령이나 수상에게 보고해야 한다. 미국의 경우 대통령의 승인여부는 법적인 의무이며, 구두가 아니라 반드시 서면으로 승인을 해야 한다. 법적으로 규정된 범위에 해당할 경우 의회에 사전 보고나 사후 보고를 해야 한다. 의회는 사전보고나 예산의 심의, 승인을 통해 정보기관의 비밀공작활동의 전반을 감독하게 된다. 공작의 수행과정에서 가장 중요한 것은 사전이던 사후이던 비밀유지이다. 따라서 외부에 알려지는 비밀공작활동은 대부분 실패한 것이거나, 국가간 정치, 외교적 이슈가 없는 것들이다. 비밀공작은 속성상 영원히 비밀에 묻히는 것이 당연하고 정보기관도 이러한 원칙이 지켜질 수 있도록 비밀공작활동에 동원된 공작원이나 기타 관련 인사들의 보안유지에 만전을 기해야 한다.

은밀하고 대부분 폭력적인 비밀공작활동은 논란의 여지가 많다. 첫째 비밀공작을 행하는 ‘정책적 선택이 정당한가’라는 정당성의 문제이다. 특히 폭력의 정도가 높은 암살이나 테러공작, 준군사공작 등은 대상인의 인권이나 대상국의 주권을 심각하게 침해할 수 있기 때문에 현대 민주주의 국가에서는 금지되고 있다. 이상주의자들은 한 국가의 국내 문제에 다른 나라가 관여한다는 것은 국제행동 규범을 침하는 것이라고 주장하는 반면에 실용주의자들은 국가의 이익을 위해 비밀공작활동은 필요하고 정당하다고 생각한다. 국가와 민족의 개념이 태동한 근대나 냉엄한 힘의 논리가 국가간의 역할관계를 결정하는 현대에서는 실용주의자가 지지를 받고 있다. 둘째 위장부인으로서 비밀공작이 노출될 경우 외교적 문제로 비화되는 경우가 많다는 것이다. 언론의 취재능력이 뛰어나거나 수행정보기관의 보안관리 실패로 언론에 공개되어 국내∙외 정치문제화 되기도 하므로 위장부인을 할 수 있는 증거인멸이나 비밀유지가 중요하다. 마지막으로 결과의 평가문제이다. 공작활동의 직후에는 성공적이었다는 평가를 받지만, 세월이 지나서 부정적인 평가를 받는 사례도 많다. 원론적으로 수행국과 상대국에게 모두 정당한 전쟁을 찾아보기 어렵듯이 이러한 관점에서 보면 정당한 비밀공작도 흔하지 않을 것이다. 하지만 냉엄한 힘의 논리가 지배하는 국제사회에서 정당성 운운하는 것은 약자의 변명에 지나지 않다고 보는 관점이 우세하다. (끝)